Anche il campanile ha una storia travagliata. Sorto in epoca normanna fu distrutto dal terremoto del 1783. Riedificato, fu poi abbattuto per ordine comunale nel 1863 e sostituito con due torri più piccole addossate all'esterno delle absidi distrutte in seguito col sisma del 1908. La ricostruzione, opera dell'architetto F. Valenti, riprende le linee del campanile normanno. E' alto 60 metri con una base di circa 10 mt per lato.
Rappresenta una delle maggiori attrattive della città col singolare meccanismo del suo orologio che oltre a segnare le ore mette in movimento statue e ingranaggi meccanici che rievocano episodi astronomici, religiosi e cittadini.
E' opera dei fratelli Ungerer allievi di Giovan Battista Schwilguè (autore dello splendido orologio della cattedrale di Notre-Dame a Strasburgo). Si sostiene che l'orologio del Duomo di Messina sia il più grande del mondo.